代価表を見てないので適切な内容にならないかもしれませんがそこはご容赦ください。
・特注品の積算
まず函渠と有りますが、現場にあわせた特注品と同じ扱い（函渠の単価が建設物価に乗っていない場合など）になると思います。この場合は以下の手順で計算します。
１．発注者に対して、二次製品のメーカーを教えてもらう
２．メーカーが見積もりを提出しているはずなので見積書を入手
ここからが問題です。メーカーが提出した見積書はおそらく労務単価が古いままです。というより新しくてもそのままでは使えません。
３．メーカーが提出した見積書を「労務費（市場単価など）」「材料費」に分けて代価票を作成しなおします。経費は無視します。
・労務費は積算基準を基に一から計算しなおします。歩掛に変更が無ければ「労務費」「燃料費」などの単価を置き換えればOKのはずです。施工パッケージに移行した歩掛は悩むところですが、実際に計算すると旧歩掛も施工パッケージも金額はほぼ同じです。
・材料費が難問で建設物価に乗っているかどうかが問題になります。建設物価に載っている単価は全て建設物価の単価に置き換えます。建設物価に載っていない単価はメーカー見積もりのおよそ90%（割引があるでしょと発注者が言う）として計算します。90%かどうかは発注者によって異なるため経験が必要になります。
以上で代価表が出来上がるはずです。あとは通常の積算でいけると思います。
なお特注品の積算は極めて重要です。入札後に落札予定価格が公開されるなら記録しておいたほうが良いでしょう。通常の積算もそうですが、入札後の積算しなおしは重要です。
・正しい積算金額と落札予定価格が判れば落札率が判ります。
・落札率が判っていれば、特注品の材料費が90%かどうかが判ります。
